Национальная федерация электронного спорта Туркменистана имеет следующие руководящие и контрольные органы, а также комитеты, комиссии и коллегии:
- Съезд – высший руководящий орган;
- Президиум – постоянно действующий коллегиальный руководящий орган, который осуществляет права юридического лица от имени Национальной федерации электронного спорта Туркменистана и исполняет ее обязанности, деятельностью которого руководит Президент федерации;
- Президент – единоличный исполнительный орган;
- Контрольно-ревизионная комиссия – контрольно-ревизионный орган, осуществляющий внутренний контроль за финансово-хозяйственной деятельностью Национальной федерации электронного спорта Туркменистана;
- Комитеты, комиссии и коллегии (постоянные или временные), осуществляющие специальные функции;